上野までの鉄道敷設には、公園の地上部は走行不可（地下トンネルを掘削）、上野公園内の樹木を損傷してはならない等の厳しい条件が付された上、旧博物館動物園駅の立つ場所は、皇室で代々引き継がれてきた「世伝御料地」という特別な土地であり、駅舎の建設には御前会議での天皇陛下の勅許を得る必要がありました。 御前会議は一度きり、否決された場合は打つ手がないという大変厳しい状況でしたが、都心乗り入れという悲願のため、当社は不退転の決意でこれに臨み、１９３２年３月に無事勅許を得ることができました。

こうして数多くの困難を乗り越え完成した旧博物館動物園駅は、帝室博物館（現東京国立博物館）や恩賜上野動物園の最寄駅として利用されるようになり、戦争や時代の荒波に揉まれながら営業してまいりましたが、ホームが短く、４両編成の列車しか停車できないといった事情もあり、利用者の減少により、１９９７年にやむなく営業を休止、２００４年に廃止となりました。

廃止後も駅舎やホームなどは当時の姿を残していた旧博物館動物園駅ですが、２０１８年には特に景観上重要な歴史的価値をもつ建造物として、鉄道施設としては初めて「東京都選定歴史的建造物」に選定されました。そして、東京藝術大学と当社が連携・協力して駅舎のリニューアルを行い、上野エリアにおける新たな文化・芸術の創造の場として生まれ変わりました。